基本解释
米开朗基罗密码是指两名美国脑外科专家在文艺复兴时期巨匠米开朗基罗的画中看到了不一样的“世界”——发现者认为米开朗基罗在梵蒂冈西斯汀教堂的著名天花壁画《创世纪》里，展示了解剖学的知识，暗藏了一幅人脑解剖图。如此“米开朗基罗密码”引起世界多方关注。
详细解释
背景资料
在亚平宁半岛的意大利，导游经常有一句口头禅，到了意大利，一定要去罗马，到了罗马，必定要看梵蒂冈——而梵蒂冈的艺术杰作主要集中在圣彼得广场、圣彼得教堂、梵蒂冈博物馆和西斯廷教堂。
1508年，教皇朱利奥二世要求米开朗基罗为梵蒂冈西斯廷教堂绘制穹顶画。历时4年零5个月，米开朗基罗完成了艺术史上空前绝后的传世巨作穹顶画——《创世纪》。
教堂里的天顶巨画，是文艺复兴三杰之一的米开朗基罗的绘画艺术丰碑，以圣经《创世记》为主线，在拱顶上形成长方形。全长40米，宽14米。分割成九个画面，分别描绘了九个主题。它和那间教堂的另一幅壁画《最后的审判》并立为米开朗基罗一生最有代表性的两大巨制。
发现
发现其中密码或者叫玄机的人是两位有心的游客。来自美国约翰·霍普金斯大学医学院的2位脑外科专家，兰·苏克(Ian Suk)和拉法尔·塔玛尔戈(Rafael Tamargo)。
原本他们和其他到意大利旅游的游客一样，到西斯汀教堂欣赏当年留下的那些伟大的壁画，但是没想到的是，在他们专业的眼光里，米开朗基罗1508—— 1512年间，画在梵蒂冈西斯汀教堂天花板上的壁画《创世纪》里隐藏了人类脊骨以及人脑神经解剖图的信息。
在他们看来，至少34块天花板的画中蕴藏着解剖学的玄机。
论点
壁画中上帝的脖子(A)画得十分精细，纹理与大脑解剖图(B)吻合。壁画中上帝的脖子(A)画得十分精细，纹理与大脑解剖图(B)吻合。
经过对画作研究之后，他们于2010年5月在一份脑外科期刊《神经外科》上发表文章说，他们发现画作最西边的《主分光暗》部分，暗藏玄机，应该是大师刻意之举。
他们认为在《创造亚当》中，如果从侧面看，树干仿佛是支气管，而上帝的紫色袍子就像一个肺，这代表了上帝给了亚当生命，让他有了呼吸。有的线索来自于画中中心人物四周的“配角”们。
在“库米城女预言家”这一场景中，两个小天使在女预言家身后互相拥抱，其中一个把他的手放在了另一个胸口上。另外，还有4个小天使模样的人物也都高举着手臂，把他们的胸部展露出来。这似乎是暗示画中所藏的人体器官在胸部位置。
有时，米开朗基罗“指向”隐藏的身体部分。在“利比亚女巫师”中，一个指向自己肩膀的天使站在身体侧扭的女人旁，她的肩胛骨最为醒目。另外两个柱子下的天使也指向肩膀。若上下颠倒看，女巫师裙摆的皱折和她躯干的底部就像是肱骨以及连接肩膀的关节凹槽。
虽然他们并没有揣摩出米开朗基罗此举的深层含义，但是来自马里兰大学的道格拉斯 菲尔德教授说，“光从黑暗中挣扎出现，是否代表了宗教和科学之间有着长久的冲突呢?”
解疑
上帝和天使以及他们周围的布幔构成的形状，就像一颗漂浮在空中的人类大脑，当然很多人说这只不过是巧合而已。
据史料记载：米开朗基罗年经时还曾狂热学习人体解剖学，他说服一位修道院副院长让他可以在修道院的医院研究尸体，画过不少人体解剖素描，不过后来他把绝大部分有关人体解剖的素描笔记销毀了。米开朗琪罗开始作这幅壁画时大约33岁，历时4年5个月，(从1508年5月——1512年10月底完成)，全部由他独自一人来完成。
懂人体解剖学，画作一手包办，从这方面看米开朗基罗密码有着一定的根据。不过，这也不是第一次有人发现这幅名画有部分和人体结构相似。因为在 1990年，也有医生发现它的中间部分，就是上帝创造亚当的那部分画，说正好是人脑的横切面。
当然，这种发现来自脑外科专家或医生，也不排除可能只是“各花入各眼”、“先入为主”的结论。